Wyrok WSA w Warszawie z dnia 22 grudnia 2009 r., sygn. III SA/Wa 1138/09

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Sylwester Golec, Sędziowie Sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek (sprawozdawca) Sędzia WSA Anna Wesołowska, Protokolant Alicja Bogusz, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 1 grudnia 2009 r. sprawy ze skargi M. sp. z o.o. w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] kwietnia 2009 r. nr [...] w przedmiocie: określenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. oraz nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz M. sp. z o.o. w W. kwotę 45.829 zł (słownie: czterdzieści pięć tysięcy osiemset dwadzieścia dziewięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego

Uzasadnienie

W dniu [...].11.2007r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. wydał decyzję, w której odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003r. we wnioskowanej kwocie 6.610.978,00 zł. Spółka pismem z dnia 21.12.2007r. (wpływ do Urzędu 27.12.2007r.), wniosła odwołanie od powyższego orzeczenia.

Dyrektor Izby Skarbowej w W., decyzją Nr [...] z dnia [...].03.2008r., uchylił zaskarżoną decyzję l instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Stwierdził w niej, iż rozstrzygnięcie, co do istoty, przedmiotowej sprawy nie jest możliwe bez przeprowadzenia postępowania w zakresie ustalenia prawidłowej wysokości zobowiązania podatkowego w sposób przewidziany prawem, do czego organ odwoławczy nie jest uprawniony, z uwagi na zasadę dwuinstancyjności określoną w art. 127 ustawy z dnia 29.08.1997r. Ordynacja podatkowa (jt. Dz. U. z 2005r., Nr 8, póz. 60 ze zm.) zwana dalej "ord.pod.".

W decyzji z dnia 28.11.2008r. organ pierwszej instancji stwierdził, iż Spółka:

1. zaniżyła przychody podatkowe 2003r. o łączną kwotę 44.432.406,83 zł, na którą