Stosownie do art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ obrót zmniejsza się m.in. o wartość kwot wynikających z dokonanych korekt faktur. Zatem zmniejszenie kwoty podatku należnego następuje w tym okresie rozliczeniowym, w którym wystawiono fakturę korygującą.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 21 stycznia 2004 r. sprawy ze skargi "M.-S." Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w S. na decyzję Izby Skarbowej w Ł. z dnia 16 kwietnia 2003 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za kwiecień 2000 r. - uchyla zaskarżoną decyzję; (...).

Zaskarżoną decyzją Izba Skarbowa w Ł. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w S. z dnia 29 sierpnia 2002 r. określającą Spółce z o.o. "M.-S." w S. za kwiecień 2000 r. zobowiązanie i zaległość w podatku od towarów i usług w wysokości 49.309 zł wraz z odsetkami za zwłokę oraz ustalającą dodatkowe zobowiązania podatkowe w wysokości 105.881 zł.

W uzasadnieniu podano, że Spółka w deklaracji VAT za kwiecień 2000 r. wykazała sprzedaż i podatek należny w wartościach ujemnych: sprzedaż /-/ 550.493 zł i podatek /-/ 241.781 zł. Wynikało to z ujęcia w rozliczeniu za kwiecień korekty sprzedaży o wartości netto 1.604.266,56 zł, podatek VAT 352.938.64 zł. według faktury korygującej (...) z 28.04.2000 r., dotyczącej pierwotnej faktury z 24.06. 1999 r. (...) /wartość netto 1.604.266,56 zł, podatek VAT 352.938,64 zł/. Faktury dotyczyły wykonania umowy z 23.06.1999 r. /pierwotna faktura dokumentowała przedpłatę na poczet przyszłego czynszu za najem budynku/ zawartej między PPHU "S." Spółką z o.o. /poprzednia nazwa Spółki "M.-S."/ a "M.-P." Spółką z o.o. w K. Wykazany w deklaracji VAT za kwiecień 2000 r. podatek naliczony Spółka powiększyła o kwotę podatku należnego /wykazanego w wartości ujemnej/ i obliczoną w ten sposób kwotę w wysokości 303.629 zł w całości zadysponowała do zwrotu na rachunek bankowy. Urząd Skarbowy w swojej decyzji uznał, że Spółka niezasadnie wykazała kwotę zwrotu różnicy podatku zamiast kwoty zobowiązania podatkowego /jego zdaniem uiszczona Spółce w czerwcu 1999 r. zaliczka nie podlegała opodatkowaniu, a tym samym Spółka nie miała prawa wystawić faktury korygującej/, w związku z czym ustalił także dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości odpowiadającej 30 procent kwoty zawyżenia zwrotu i zaniżenia zobowiązania.