Czy można skorygować do 0 zł faktury dokumentujące otrzymanie zaliczki

Jesteśmy firmą produkcyjną, która bardzo często na realizację zleceń otrzymuje od swoich odbiorców zaliczki. Każdorazowo otrzymanie zaliczki dokumentujemy fakturą zaliczkową i z tego tytułu rozpoznajemy obowiązek podatkowy w VAT. Na zakończenie realizacji zlecenia dochodzi do rozliczenia otrzymanych zaliczek z pełną wartością dostawy produktów. Nasz program finansowo-księgowy nie pozwala na wystawienie końcowej faktury VAT zawierającej rozliczenie wcześniej otrzymanych zaliczek. W związku z tym przyjęliśmy zasadę, że na zakończenie realizacji zlecenia wystawiamy jednocześnie jedną fakturę sprzedażową na pełną wartość dostawy oraz faktury korygujące do zera wszystkie wcześniej wystawione faktury dokumentujące otrzymane zaliczki. Wszystkie faktury wysyłane są do naszych odbiorców i w większości przypadków posiadamy potwierdzenia odbioru przez nich faktur korygujących. Z ekonomicznego punktu widzenia skutek jest taki sam, jak byśmy wystawili tylko jedną końcową fakturę rozliczeniową. Czy takie postępowanie może zostać zakwestionowane?