Jak dokonać korekty w pkpir, jeśli zaksięgowano koszt na podstawie faktury, która nie powinna być wystawiona

Za wydanie decyzji zezwalającej na odbiór odpadów urząd wystawił fakturę VAT, gdzie jako usługę wymieniał opłatę skarbową za wydanie decyzji. Faktura zawierała kwotę netto, 22% VAT i kwotę brutto. Od faktury został odliczony VAT, a kwota netto zaksięgowana do kolumny 14 pkpir. Przy wystawianiu faktury urząd upierał się, że może ją wystawić, jednak po zażądaniu przedstawienia deklaracji VAT za miesiąc, w którym VAT należny został wykazany, urzędnicy stwierdzili, iż nie powinni byli w ogóle wystawić faktury. Wiem, że muszę dokonać korekty VAT w związku z odliczeniem podatku wykazanym w fakturze, która nie powinna być wystawiona. Ale jak dokonać korekty w pkpir, skoro faktura nie powinna być w ogóle wystawiona? Co będzie dowodem księgowym? W posiadaniu mojej firmy jest oryginał faktury wystawionej przez urząd, a dodatkowo dowodem na poniesienie kosztów związanych z wydaniem decyzji (bez której nie jest możliwe prowadzenie usług wywozu nieczystości) jest sama decyzja, w której treści zaznaczono, iż za jej wydanie pobrano opłatę skarbową w wysokości 600 zł.