Jak rozliczyć niedopłatę/nadpłatę podatku za 2012 r. wynikającą z rocznego rozliczenia w PIT-40

Na wniosek pracowników dokonaliśmy za nich rocznego obliczenia podatku za 2012 r. Część z nich ma niedopłatę, a pozostali nadpłatę podatku za rok ubiegły. Jak powinniśmy to rozliczyć?