Jak oceniać zgodność lokalizacji inwestycji z planem miejscowym, gdy zmieniła się ustawa

Gmina ma dokonać oceny zgodności planowanej inwestycji z ustaleniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego na podstawie art. 80 ust. 2 ustawy środowiskowej. Mamy dylemat, bo niektóre ustalenia tego planu (uchwalonego w 1998 r.) są niezgodne z przepisami ustawy o ochronie przyrody, która weszła w życie wiele lat później (w 2004 r.). Czy wobec tego wójt powinien dokonać oceny z pominięciem tych ustaleń planu, które są sprzeczne z później przyjętym, ale hierarchicznie ważniejszym aktem prawa?