Jak powinien przebiegać tok postępowania w przypadku instytutu badawczego w związku z wnioskiem o zwolnienie z podatku rolnego za 2017 r., nadpłatą podatku rolnego oraz odmową wszczęcia postępowania

Na terenie gminy istnieje instytut badawczy, który do 2022 r. opłacał podatek rolny. W grudniu 2022 r. instytut złożył wniosek o udzielenie zwolnienia z podatku rolnego na 2017 r. na podstawie art. 13d ust. 1 i 3 oraz art. 12 ust. 2 pkt 5 ustawy o podatku rolnym, który zwalnia instytuty od podatku rolnego. Następnie do organu w dniu 2 stycznia 2023 r. (nadany 29 grudnia 2022 r. w placówce pocztowej) wpłynął wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku rolnym za 2017 r. wraz z korektą deklaracji na nieprawidłowym wzorze. Pracownik wezwał 19 stycznia 2023 r. instytut do doręczenia deklaracji na obowiązującym wzorze i 30 stycznia 2023 r. wpłynęła prawidłowa deklaracja. Następnie została wydana przez organ decyzja w sprawie zastosowania zwolnienia w podatku rolnym za 2017 r. oraz postanowienie o odmowie wszczęcia wobec instytutu postępowania podatkowego w sprawie o stwierdzenie nadpłaty w podatku rolnym za 2017 r. Motywując tym, że na mocy art. 79 § 2 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacji podatkowej 1 stycznia 2023 r. wygasło prawo instytutu do złożenia wniosku o stwierdzenie zwolnienia z podatku rolnego i nadpłaty. Dlatego, że zwolnienie podatkowe stosuje się na podstawie decyzji wydanej na wniosek podatnika od pierwszego dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym złożono wniosek. Jeśli wniosek o wydanie decyzji stwierdzającej zwolnienie od podatku rolnego został złożony w grudniu 2022 r., to zwolnienie stosuje się od 1 stycznia 2023 r., czyli od dnia, w którym co do zasady zobowiązanie podatkowe w podatku rolnym za 2017 r. uległo przedawnieniu. Instytut złożył zażalenie a organ z całością akt sprawy przekazał do SKO, który uchylił w całości zaskarżone postanowienie i przekazało do ponownego rozpatrzenia w związku z tym, że nie zachodzą przesłanki do odmowy wszczęcia postępowania. Organ chce wszcząć postępowanie i wydać decyzję w sprawie odmowy nadpłaty w podatku rolnym na 2017 r. powołując się na przedawnienie. Czy tok postępowania obrany przez nas jest prawidłowy?