Jak rozliczyć błędnie wystawioną fakturę końcową

Od naszych klientów pobieramy zaliczki na towar, wystawiamy faktury zaliczkowe, np. na połowę ceny. Faktura końcowa opiewa na pozostałą część należności za towar. Nasz program do wystawiania faktur nie przewiduje pozycji ujemnej, tzn. wartości zaliczki, na którą już fakturę wystawiliśmy. W związku z tym wystawiamy fakturę tak, że pomniejszamy każdą pozycję faktury (cena jednostkowa towaru to nie 100% ceny, ale np. 50%), poza tym zamieszczamy informację, że uwzględniono fakturę na zaliczkę, podajemy numer tej faktury, datę i kwotę brutto zaliczki. Czy postępujemy prawidłowo? Ostatnio nasz kontrahent zakwestionował nam taką fakturę, twierdząc, że może wliczyć w koszty cenę netto tylko z końcowej faktury. Czy ma rację?