Kompensata zobowiązań a VAT

Jesteśmy zakładem budżetowym i jako inwestor naliczyliśmy wykonawcy kary umowne za niedotrzymanie terminu wykonania robót (rozbudowa budynku). Wystawiamy notę na kary umowne i chcielibyśmy, aby kontrahent uregulował karę na podstawie tej noty, tak aby jednostka opłaciła fakturę w 100%. Ale kontrahent skierował do nas pismo, że wyraża zgodę na potrącenie kary z faktury, za którą mamy mu zapłacić. I