Czy można skorygować deklarację w trakcie „kontroli krzyżowej”

Prowadzę biuro rachunkowe. Zadzwoniono do mnie z urzędu skarbowego i zawiadomiono o „kontroli krzyżowej” wobec klienta biura. W trakcie przygotowywania dokumentów (faktur sprzedaży na rzecz jednego z kontrahentów klienta) okazało się, że jedna z faktur została przez pomyłkę pominięta przy obliczaniu zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych oraz w podatku od towarów i usług.