Sąd orzekający w tej sprawie, nie podziela poglądów wyrażonych w orzeczeniach zapadłych przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w sprawach, w których także rozstrzygano zagadnienie naruszenia przepisów o właściwości "dużych urzędów skarbowych", tj. w wyrokach: z dnia: 13 maja 2005 r. III SA/Wa 2307/04, 14 kwietnia 2005 r. III SA/Wa 2095/04, 30 maja 2005 r. III SA/Wa 66/05. Zdaniem Sądu z dniem 1 stycznia
Postępowanie, które miało być prowadzone na podstawie przepisów Układu Europejskiego nie jest przesłanką zobowiązującą organ kontroli skarbowej do zawieszenia postępowania kontrolnego, bowiem Układ Europejski utracił moc obowiązującą. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 12 kwietnia 2005 r. sprawy ze skargi "AP" Sp. z o.o. w W. na postanowienie Dyrektora Izby
Do czasu wydania decyzji podatkowych ustalających wysokość podatku dochodowego od osób prawnych za lata 1996/1997, 1997/1998, 1998/1999, za prawidłowe należy uznać kwoty podatku wykazane przez spółkę w deklaracjach podatkowych. Zmiana deklarowanych przez podatnika kwot podatku może zatem nastąpić wyłącznie w drodze decyzji wydanej po przeprowadzeniu postępowania podatkowego za dany okres rozliczeniowy
