Jak rozliczyć umowę zlecenia zawartą z przedsiębiorcą

Chcemy zawrzeć umowę zlecenia z przedsiębiorcą - osobą fizyczną. Praca będzie wykonana w czasie 1-2 tygodni. Jak wypłacić należność? Czy na podstawie rachunku wystawionego przez zleceniobiorcę, czy na podstawie faktury? Jeżeli podstawą będzie rachunek do umowy, to jakie będą z tego tytułu obciążenia?