Jak opodatkować sprzedaż poniesionych nakładów inwestycyjnych

Prowadzimy niewielką sieć sklepów z odzieżą sportową. Wszystkie nasze sklepy znajdują się w wynajmowanych lokalach. Otwierając nowy punkt, za zgodą wynajmującego dokonujemy modernizacji pomieszczeń w celu przystosowania ich do naszych potrzeb. Wartość nakładów na modernizację wynosi każdorazowo ok. 50 000 zł (netto). Ponoszone nakłady traktujemy jak inwestycje w obcych środkach trwałych i dokonujemy pełnego odliczenia VAT. Obecnie likwidujemy jeden ze sklepów. Uzgodniliśmy z właścicielem nieruchomości, że nowy najemca przejmie lokal w obecnym stanie, a wynajmujący zapłaci nam ustaloną kwotę, stanowiącą zwrot kosztów dokonanych ulepszeń. Nakłady na ten sklep ponieśliśmy w 2013 r. Jak rozliczyć sprzedaż nakładów? Czy będzie konieczna korekta odliczonego VAT? Czy można zastosować zwolnienie z art. 43 ustawy dla dostawy budynków?