Jak rozliczyć import usług transportowych

Nasza spółka świadczy usługi spedycyjne. Kiedy należy wystawić fakturę wewnętrzną do faktury od kontrahenta z UE za usługę transportową na terenie Wspólnoty, jeśli data wystawienia to 28 kwietnia 2006 r., usługa transportu zakończona została 15 marca 2006 r., a nie zapłaciliśmy za usługę do końca marca? Dodam, że jesteśmy zobowiązani do naliczenia podatku VAT. Jak postąpić w sytuacji otrzymania np. duplikatu z datą 19 września 2006 r., kiedy pierwotna faktura wystawiona była 15 czerwca 2006 r., wykonanie usługi nastąpiło 6 czerwca 2006 r., a zapłata 3 lipca 2006 r.? Kiedy w takiej sytuacji należy wystawić fakturę wewnętrzną? Kiedy wykazać VAT należny i naliczony w deklaracji VAT - w miesiącach wystawienia dokumentów czy 30. dnia od dnia wykonania usługi transportowej?