Od wynagrodzeń wypłacanych pracownikom zatrudnionym w ramach projektu współfinansowanego ze środków EFS należy pobrać zaliczkę na podatek

Środki pochodzące z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej, jak również środki krajowe przeznaczone na realizację programów operacyjnych są wydatkami budżetu państwa i spełniają przesłanki zwolnienia przedmiotowego ujętego w art. 21 ust. 1 pkt 137 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, jednak tylko u uczestnika projektu, czyli podmiotu, który bezpośrednio realizuje projekty finansowane z budżetu państwa lub ze źródeł zagranicznych w oparciu o decyzję lub umowę o dofinansowanie projektu. Zwolnienie to nie znajduje zastosowania do osób, które jedynie wykonują powierzone im zadania na podstawie umowy o pracę, umowy zlecenia lub innego stosunku prawnego - takie stanowisko zajął dyrektor Izby Skarbowej w Łodzi w interpretacji indywidualnej z 27 października 2011 r. (sygn. IPTPB2/415-456/11-2/DS).