Czy orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego kwestionujące uchylenie zwolnienia dla zakładów pracy chronionej stanowi podstawę do stwierdzenia nadpłaty

Zakład pracy chronionej rozpoczął w latach 90. realizację długofalowych przedsięwzięć na rzecz zatrudnionych osób niepełnosprawnych. Korzystał ze zwolnienia od podatku dochodowego przewidzianego dla zakładów pracy chronionej. Na skutek zmiany przepisów zakłady pracy chronionej utraciły od 2000 r. prawo do zwolnienia i wpłacały podatek dochodowy na zasadach ogólnych. W wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, który ocenił zmianę przepisów ustawy w sprawie utraty prawa do zwolnienia jako niezgodną z prawem, podatnik wystąpił do organów podatkowych o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r. oraz o zwrot tego podatku wraz z odsetkami. Niestety, otrzymał z urzędu skarbowego odmowę z powodu - jak to umotywowano - braku podstawy prawnej do zwrotu podatku. Czy słusznie organy podatkowe podjęły taką decyzję?