Czy spółka z o.o. po otrzymaniu zaliczki na falowniki ma obowiązek wystawienia faktury zaliczkowej

Spółka z o.o. zajmuje się m.in. produkcją falowników. Sprzedaje je m.in. do USA. W związku z tym, że produkcja trwa sporo czasu pojawiają się dwie kwestie, w których mam wątpliwości: 1. Często zostają wpłacane zaliczki na podstawie pro formy jednak faktura wystawiana jest np. dwa miesiące później, czy powinna być wystawiana faktura zaliczkowa? 2. Zdarza się, że wystawiana jest zwykła faktura z VAT 0%, jednak towar zostaje wysłany w przeciągu pół roku, a my wykazujemy fakturę w JPK_VAT w dacie jej wystawienia, chociaż przez jakiś czas nie posiadamy jeszcze komunikatu IE599. Czy powołując się na fakt, że produkcja falowników potrafi trwać kilka miesięcy możemy wykazać fakturę ze stawką 0% z datą wystawienia faktury, podczas gdy IE599 otrzymamy np. za 4 miesiące (czyli wtedy gdy towar będzie wytworzony i wysłany)? Myślę tu o powołaniu się na art. 41 ust. 9b ustawy o VAT ze względu na długotrwały proces wykonania towaru, jednak w moim przypadku: towary czasem wywiezione zostaną szybciej niż 6 mcy czasem później, czasem jest zaliczka (nieudokumentowana faktura zaliczkowa), czasem nie ma zaliczki ale jest wystawiona zwykła faktura. Czy spółka może stosować stawkę 0% do otrzymywanych zaliczek? Czy spółka powinna wykazywać stawkę VAT w ewidencji VAT oraz pliku JPK_VAT faktur eksportowych, które zostały wystawione przed otrzymaniem zaliczki oraz przed dokonaniem dostawy falowników?