Wyrok WSA w Krakowie z dnia 31 maja 2023 r., sygn. I SA/Kr 278/22

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący: Sędzia Inga Gołowska, Sędziowie: WSA Grzegorz Klimek, WSA Michał Niedźwiedź (spr.), po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 10 maja 2023 r. sprawy ze skargi N. sp. z o.o. w M. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z 13 grudnia 2021 r., nr 1201-IOP2-2.4103.1.2021.31 w przedmiocie podatku od towarów i usług za II-IV kwartał 2015 r. oraz I kwartał 2016r. I. uchyla zaskarżoną decyzję; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie na rzecz strony skarżącej koszty postępowania w kwocie 116.617 (sto szesnaście tysięcy sześćset siedemnaście) złotych.

Uzasadnienie

1.1. Decyzją z 21 grudnia 2020 r. Naczelnik Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Krakowie (nr 358000-CKK1-4.4103.4.2020.53) określił T. ([...]) sp. z o.o. z siedzibą w K. – nazywanej dalej "Spółką", zobowiązanie w podatku od towarów i usług za II-IV kwartał 2015 r. oraz za I kwartał 2016 r.

Podstawą tego rozstrzygnięcia było zakwestionowanie przez organ rzetelności faktur wystawionych przez W. sp. z o.o. SKA z siedzibą w Ł. w przypadkach, gdy na wcześniejszych etapach obrotu paliwo pochodziło od R. sp. z o.o., C. sp. z o.o. oraz B. sp. z o.o. W konsekwencji Spółka miała w nieprawidłowy sposób odliczyć podatek naliczony w kwocie 36.654.257,17 zł.

1.2. Po rozpoznaniu odwołania Spółki, decyzją z 13 grudnia 2021 r. (nr 1201-IOP2-2.4103.1.2021.31) Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji w zakresie podatku od towarów i usług za I kwartał 2016 r., w pozostałym zaś zakresie rozstrzygnięcie to uchylił, przyjmując, że część zakwestionowanych faktur była rzetelna.

Ustosunkowując się w pierwszej kolejności do zagadnienia przedawnienia zobowiązań podatkowych, organ wskazał, że zgodnie z art. 70 § 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2021 r., poz. 1540 ze zm.; dalej jako "O.p.") w przypadku zobowiązań w podatku od towarów i usług za II i III kwartał 2015 r. upłynął on 31 grudnia 2020 r. Tym niemniej, na mocy art. 70 § 6 pkt 1 O.p. bieg terminu przedawnienia ulega zawieszeniu z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo lub wykroczenie skarbowe, które wiąże się z niewykonaniem zobowiązania podatkowego. Na tym tle organ wskazał, że postanowieniem z 30 września 2020 r. Naczelnik Małopolskiego Urzędu Celno-Skarbowego wszczął właściwe postępowania karne skarbowe, o czym Spółka została zawiadomiona pismem z 20 października 2020 r., tak jak tego wymaga art. 70c O.p. Dalej organ odnosząc się do treści uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r. (sygn. akt I FPS 1/21) stwierdził, że w sprawie nie można było przyjąć, iż postępowanie karne skarbowe zostało wszczęte w sposób instrumentalny, tj. w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.