VAT do dotacji z ZUS

Spółka otrzymała decyzję o przyznaniu dotacji z ZUS na zakup nowych środków trwałych oraz na modernizację istniejącego środka trwałego w kwocie brutto. Spółka po podpisaniu umowy otrzymała zaliczkę na wydatki związane z przedmiotową dotacją. W części dotyczącej modernizacji środka trwałego w chwili dotacji rozpoznała przychód w kwocie brutto nie znajdując uzasadnienia dla jej zwolnienia z opodatkowania. W części dotyczącej zakupu nowego środka trwałego Spółka nie opodatkowała otrzymanej zaliczki w związku ze zwolnieniem ustawowym zawartym w art. 17 ust. 1 pkt 21. Obydwie części zaliczki zostały zaksięgowane na koncie rozliczenia międzyokresowe przychodów. Czy w ogóle, a jeżeli tak, to w jakim momencie powinniśmy opodatkować przychód dot. części VAT dotacji zwolnionej z opodatkowania? Naszym zdaniem w sytuacji, kiedy część dotacji zwolnionej z opodatkowania na podstawie powołanego przepisu została wykorzystana na zapłatę VAT powinniśmy rozpoznać przychód podatkowy, pomimo braku kosztu. Czy pod kątem VAT dotacja ta w każdej części jest neutralna?