Jakie warunki należy spełnić, by otrzymać wcześniejszy zwrot VAT

Prowadzimy działalność w formie spółki z o.o. Urząd skarbowy odmawia nam zwrotu różnicy podatku naliczonego w ciągu 25 dni, twierdząc, że podstawą jest zapłacenie wszystkich należności wynikających z faktur zakupu towarów i usług wykazanych w deklaracji VAT, a nie tylko ich części, nawet jeżeli podatek naliczony, który nie miał pokrycia w zapłaconych fakturach, dotyczył zakupu środków trwałych (dwie maszyny). Czy urząd postępuje prawidłowo?