Działając na podstawie art. 14a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749, z późn. zm.), w celu zapewnienia jednolitego stosowania przepisu art. 76 oraz art. 239a ustawy - Ordynacja podatkowa w zakresie zaliczania nadpłaty podatku na poczet zaległości podatkowej wynikającej z decyzji nieostatecznej, której nie nadano rygoru natychmiastowej wykonalności, uprzejmie przedstawiam, co następuje:

Zgodnie z art. 239a ustawy - Ordynacja podatkowa decyzja nieostateczna, nakładająca na stronę obowiązek podlegający wykonaniu w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, nie podlega wykonaniu, chyba że decyzji nadano rygor natychmiastowej wykonalności. Z kolei przepis art. 76 ustawy - Ordynacja podatkowa przewiduje ściśle określony tryb postępowania z nadpłatami, nakładając na organ podatkowy obowiązek zaliczenia w pierwszej kolejności nadpłaty na poczet zaległości podatkowych. Na podstawie tego przepisu organ podatkowy jest zobligowany do zaliczenia z urzędu nadpłaty na poczet zaległości podatkowych podatnika wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a, oraz jego bieżących zobowiązań podatkowych, a dopiero w razie ich braku - zwrotu z urzędu nadpłaty podatnikowi, o ile podatnik nie złoży wniosku o zaliczenie nadpłaty (w całości lub części) na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.

W orzecznictwie sądów administracyjnych nie ma jednolitości co do dopuszczalności zaliczenia nadpłaty podatku na poczet zaległości podatkowej wynikającej z decyzji nieostatecznej, której nie nadano rygoru natychmiastowej wykonalności. W tym zakresie ukształtowały się dwie linie orzecznicze.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 18 maja 2012 r. sygn. akt II FSK 2078/10 uznał, że wynikający z art. 239a ustawy - Ordynacja podatkowa zakaz wykonania decyzji nieostatecznej w żaden sposób nie wyklucza ani nie ogranicza zarachowania przez organ podatkowy z urzędu nadpłaty lub zwrotu podatku na poczet jego zaległych zobowiązań podatkowych. Według Sądu, wymieniony wyżej przepis pozbawia jedynie decyzję nieostateczną dotychczasowego waloru wykonalności, co oznacza tylko tyle, że taka decyzja nie stanowi tytułu egzekucyjnego podlegającego przymusowemu wykonaniu w trybie postępowania egzekucyjnego w administracji. Sąd zaznaczył, że takie rozumienie art. 239a Ordynacji podatkowej wynika wprost z jego treści i nie wymaga zastosowania innej reguły wykładni niż gramatyczna. Podobnie wypowiedział się Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z dnia 9 sierpnia 2011 r. sygn. akt I SA/Wr 752/11, Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 24 sierpnia 2011 r. sygn. akt II FSK 688/10, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy w wyroku z dnia 25 października 2011 r. sygn. akt I SA/Bd 487/11 oraz Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 27 lutego 2012 r. sygn. akt III SA/Wa 1495/11.

Odmienną wykładnię przepisu art. 239a ustawy - Ordynacja podatkowa przedstawił Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 25 października 2012 r. sygn. akt II FSK 624/11. W uzasadnieniu wyroku Sąd stwierdził, że zaliczenie nadpłaty, podobnie jak zwrotu podatku, do którego w zakresie zaliczenia mają zastosowanie przepisy o nadpłacie, należy uznać za jedną z form wykonania decyzji nakładającej na stronę obowiązek podlegający wykonaniu w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, o której mowa w art. 239a Ordynacji podatkowej. Według Sądu za nieuzasadniony należy uznać pogląd, że użyte w art. 239a Ordynacji podatkowej sformułowanie nie podlega wykonaniu oznacza tylko tyle, że decyzja nie może być egzekwowana w drodze przymusu administracyjnego. Przepis ten - wbrew twierdzeniu organów podatkowych - nie wprowadza zasady, że decyzja nie podlega wykonaniu w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji, ale, że nie podlegają wykonaniu - w jakiejkolwiek formie - decyzje nakładające na stronę obowiązek podlegający wykonaniu w trybie przepisów egzekucyjnych. Przepis ten w żaden sposób nie określa form niewykonania decyzji, a to oznacza, że każde działanie, które prowadzi do wykonania decyzji - stanowi działanie naruszające normę art. 239a Ordynacji podatkowej, w sytuacji, gdy nieostatecznej decyzji nie został nadany rygor natychmiastowej wykonalności.

Przyjmując, że regulacje ustawy - Ordynacja podatkowa tworzą całość normatywną, nie jest możliwe pominięcie, przy zastosowaniu art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej, regulacji zawartej w art. 239a ww. ustawy, a więc dokonywania zaliczania czy to nadpłat czy zwrotów podatków na poczet zaległości podatkowych wynikających z nieostatecznych decyzji. Zaliczenie nadpłaty czy zwrotu podatku prowadzi - w myśl art. 59 § 1 pkt 4 Ordynacji podatkowej - do wygaśnięcia zobowiązania podatkowego. Zdaniem Sądu taka interpretacja znajduje ponadto wzmocnienie w świetle art. 239g Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym, wstrzymanie wykonania decyzji nie pozbawia strony możliwości dobrowolnego wykonania decyzji. Powyższe oznacza, że przepis art. 239a Ordynacji podatkowej obejmuje dobrowolne wykonanie decyzji, o którym mowa w art. 239g tej ustawy. Gdyby uznać, że art. 239a Ordynacji podatkowej przewiduje jedynie niemożliwość wykonania obowiązku w drodze przymusu egzekucyjnego, to przepis art. 239g tej ustawy byłby zbędny. W takim bowiem przypadku podatnik dobrowolnie zawsze mógłby wykonać obowiązek wynikający z decyzji nieostatecznej. Redakcja ww. przepisów prowadzi w rezultacie do uzasadnionej konkluzji, że wykonanie nieostatecznej decyzji, której nie nadano rygoru natychmiastowej wykonalności, możliwe jest tylko w drodze dobrowolnego jej wykonania przez podatnika.

Podobny pogląd jest prezentowany w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 25 października 2012 r. sygn. akt II FSK 625/11, z dnia 25 października 2012 r. sygn. akt II FSK 1228/11, z dnia 25 października 2012 r. sygn. akt II FSK 1229/11, z dnia 13 kwietnia 2012 r. sygn. akt II FSK 1171/11 oraz z dnia 25 października 2011 r. sygn. akt I FSK 1644/10, Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 16 marca 2011 r. sygn. akt I SA/Gd 26/11, Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 25 maja 2010 r. sygn. akt I SA/Łd 366/10, Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 25 października 2011 r. sygn. akt I SA/Bd 487/11 oraz Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 3 września 2010 r. sygn. akt I SA/Wr 620/10. Obecnie pogląd ten dominuje w orzecznictwie sądów administracyjnych.

Jednocześnie należy zwrócić uwagę na ratio legis przepisu art. 239a ustawy - Ordynacja podatkowa. Przepis ten został wprowadzony w celu eliminacji możliwości wyrządzenia często nieodwracalnych szkód przymusowym wykonaniem decyzji, która jest następnie uchylana lub unieważniana, oraz ograniczenia związanych z tym negatywnych skutków budżetowych skutkujących koniecznością wpłaty odszkodowania oraz oprocentowania nadpłaty podatku.

Mając na względzie powyższe, zasadna jest akceptacja linii orzeczniczej sądów administracyjnych uznającej, że nie należy zaliczać nadpłaty na poczet zaległości podatkowych wynikających z decyzji nieostatecznej, której nie nadano rygoru natychmiastowej wykonalności.

Wstrzymanie wykonania decyzji nie pozbawia jednak strony możliwości dobrowolnego wykonania decyzji (art. 239g ustawy - Ordynacja podatkowa) lub zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowej. Jeżeli intencją strony jest dobrowolna zapłata podatku, to organ podatkowy, mimo wstrzymania wykonania decyzji powinien ją respektować. Nie ma zatem przeszkód do wykonywania decyzji nieostatecznej, o której mowa w art. 239a ustawy - Ordynacja podatkowa, wskutek zaliczenia nadpłaty na wniosek strony lub za jej zgodą. Przedstawione powyżej zasady mają również zastosowanie do zaliczenia zwrotu podatku (art. 76b § 1 ustawy - Ordynacja podatkowa).