4. Wykup wydzierżawionego środka trwałego, w którym dokonano ulepszenia

Spółka z o.o. dokonała inwestycji w obcych środkach trwałych dzierżawionych od Agencji Nieruchomości Rolnych, tj. montażu suszarni zboża (w 2003 r.). Zwrot inwestycji przewidywano na 10 lat. Zwrot wartości fundamentów (w 2009 r.) pod nasze silosy zbożowe planowaliśmy na 4 lata. W 2010 r. kupiliśmy gospodarstwo, w skład którego wchodzą środki trwałe, na które poczynione były przez nas powyższe nakłady. Agencja Nieruchomości Rolnych określiła w akcie notarialnym wartość gospodarstwa jedną kwotą, pomniejszając ją o częściową wartość poniesionych przez nas nakładów. W akcie notarialnym nie zostały wyszczególnione środki, na które dokonaliśmy wymienionych nakładów. Nakłady te były przez nas amortyzowane zgodnie z przepisami. Czy Agencja powinna określić wartość sprzedaży tych środków trwałych? Czy zwrócone przez Agencję częściowe nakłady podlegają opodatkowaniu VAT? Jesteśmy spółką z o.o. rozliczającą VAT na ogólnych zasadach.