Jak rozliczyć VAT od zamówienia realizowanego etapami

W maju otrzymałem zamówienie na kwotę 127 676,16 zł brutto. Wraz z zamówieniem została wpłacona zaliczka w wysokości 64 000 zł, na którą 31 maja 2014 r. wystawiłem fakturę zaliczkową. W czerwcu były dwie dostawy na kwotę 33 525,27 zł brutto i na kwotę 36 047,46 zł, co daje 69 572,73 zł. Zamawiający chce, abym na te dwie dostawy wystawił faktury. Za towar zostało do dopłaty 5572,73 zł. Jak mam wystawić te faktury? Czy w ogóle wolno mi je wystawić, czy muszę czekać do końca zrealizowania zamówienia, tj. do 7 lipca, i wtedy wystawić fakturę końcową. Jak powinno wyglądać rozliczenie zamówienia rozbitego na cztery dostawy i jakie dokumenty powinny być wystawiane na przełomie kilku miesięcy.