Jak dokumentować udzielanie skonta

Za terminowe regulowanie faktur (w ciągu 14 dni od dnia wystawienia faktury) udzielamy 3% skonta. Faktury wystawiamy od razu na kwotę udzielonego rabatu. Gdy nabywca nie spełni warunku, wystawiamy fakturę korygującą zwiększającą VAT. W trakcie kontroli urząd zakwestionował takie postępowanie, uznając, że powinniśmy wystawić fakturę bez rabatu, a następnie, gdy nabywca zapłaci w terminie, wystawić korektę, a nie odwrotnie. Czy urząd ma rację?