Czy zwracaną kwotą zaliczki można zrekompensować inną należność z faktury VAT wystawionej na zaliczkodawcę

Klient wpłacił nam pewną kwotę tytułem zaliczki. Wystawiliśmy fakturę zaliczkową i ujęliśmy ją do VAT. W następnym miesiącu okazało się, że do transakcji nie dojdzie i że musimy zwrócić zaliczkę. Nie miałabym problemu z jej rozliczeniem (przelew + korekta faktury zaliczkowej), gdyby nie to, że nasza firma chce obciążyć kontrahenta kosztami przesyłki innej partii towaru, którą kontrahent przesłał na nasz koszt. Kontrahent wyraził zgodę na takie rozliczenie. Czy mogę wystawić fakturę zaliczkową korygującą, a przelew zrobić na mniejszą kwotę niż zaliczka (potrącić koszty transportu)? Na podstawie jakiego dokumentu potrącić koszty transportu - czy tylko refaktury, czy może jest jakaś inna opcja?