Jak udokumentować obciążenie pracownika za zawinione niedobory

Rozliczyliśmy inwentaryzację, w wyniku której stwierdzono niedobór zawiniony. Został on zaakceptowany przez osoby materialnie odpowiedzialne. Po jakiej cenie obciążyć pracowników za stwierdzony brak materiałów (po cenie zakupu, czy też należy doliczyć marżę)? Jakim dowodem należy zaewidencjonować fakt obciążenia pracownika - na podstawie noty czy faktury wewnętrznej VAT? Jeżeli należałoby wystawić fakturę VAT do udokumentowania przedmiotowego obciążenia, to kiedy powstanie obowiązek podatkowy - w miesiącu wystawienia faktury czy po zapłaceniu przez pracownika niedoboru?