Podatek naliczony odliczany częściowo

Przedstawione w dalszej części zasady rozliczania podatku naliczonego wynikają niemal wprost z fundamentalnej dla VAT VI Dyrektywy Rady UE. W przyszłości przy interpretacji przepisów niejednokrotnie będzie konieczne odwoływanie się do orzeczeń Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.

W ustawie o VAT obowiązującej do końca kwietnia 2004 r. do problematyki, o której mowa, odnosił się art. 20. Jednak przepis ten dotyczył jedynie sytuacji, gdy u podatnika występowała sprzedaż zwolniona oraz opodatkowana, natomiast nie dotyczył sytuacji, gdy - obok tego rodzaju sprzedaży - występowała także sprzedaż nieobjęta ustawą. W tym ostatnim przypadku nie były określone zasady postępowania, co oznaczało liczne spory między podatnikami a organami podatkowymi. Podatnicy uznawali bowiem, że brak uregulowań oznacza dopuszczenie przez ustawodawcę do odliczenia całego podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną oraz nieobjętą ustawą wtedy, gdy nie jest możliwe określenie, jaka część podatku jest związana z pierwszą sprzedażą (w konsekwencji podlegającą odliczeniu), a jaka z drugą (niepodlegającą odliczeniu). Z kolei organy podatkowe uznawały, że takie ograniczenie w dokonywaniu odliczenia wynika z ogólnej zasady, iż podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia tylko podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną.