Przedawnienie a kwota do przeniesienia

Jesteśmy dużą firmą produkcyjną, która od 1995 r. jest podatnikiem VAT. Przedmiotem działalności gospodarczej firmy jest produkcja profili aluminiowych wykorzystywanych do wykonywania robót budowlanych. Od 2000 r. prowadzimy również sprzedaż eksportową, m.in. do Turcji i na Ukrainę. W styczniu tego roku zaczęła się w naszej firmie kontrola podatkowa z urzędu skarbowego, a jej zakresem objęto prawidłowość rozliczeń z tytułu VAT za rok 2002. Decyzja naczelnika urzędu skarbowego została wydana 15 czerwca 2007 r. i zamierzamy się od niej odwołać, gdyż naszym zdaniem (i zdaniem naszych prawników) organ I instancji nieprawidłowo określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za poszczególne miesiące 2002 r., a za listopad 2002 r. kwotę zobowiązania. Organ odmówił nam wstrzymania jej wykonania. Dodatkowo decyzja została naszym zdaniem doręczona wadliwie, gdyż nie została doręczona prezesowi spółki w firmie, lecz poza nią. W związku tym mamy pytanie, czy organ prawidłowo doręczył swoją decyzję i czy od 1 stycznia 2008 r. to zobowiązanie za 2002 rok ulegnie przedawnieniu?