Jak pracownik zatrudniony na umowę o pracę, prowadzący jednocześnie działalność gospodarczą powinien rozliczać ulgę podatkową

Jesteśmy spółką z o.o. na umowę o pracę zatrudniamy pracownika już od wielu lat. Z tej umowy pracownik odliczane ma 1/12 ulgi podatkowej zmniejszającej podatek (300 zł). W międzyczasie pracownik założył działalność gospodarczą na zasadach ogólnych gdzie także rozlicza kwotę zmniejszającą podatek 1/12 300 zł. Dzwoniłam na infolinię podatkową i uzyskałam informację, że nie jest to duży błąd, ponieważ pracownik i tak w rozliczeniu rocznym będzie musiał oddać tę wartość podatku, którą podwójnie odliczył. Pracownik woli, żeby rozliczać mu tę ulgę w umowie o pracę, gdyż jego wynagrodzenie jest większe miesięcznie. Woli to rozliczyć w zeznaniu rocznym. Czy tak można? Czy powinien rozliczać tylko jedną ulgę w jednym miejscu?