Jak spółka z o.o. powinna wystawić paragon końcowy w związku z wykonaniem usług

Spółka z o.o. posiada kasę rejestrującą, wystawia klientom indywidualnym paragon i fakturę imienną. Na koniec prac (prace hydrauliczne, OZE itp.) wystawiała paragon na całość wykonanych prac i fakturę imienną z rozliczeniem zaliczki. Urząd skarbowy stwierdził, że paragon końcowy powinien być wystawiony jedynie na kwotę, która pozostała klientowi do zapłaty. Czy takie stanowisko jest prawidłowe? Do CIT przychody są ujmowane dopiero po zakończeniu prac. Dotychczas w momencie wystawienia paragonu i faktury końcowej zaliczka była księgowana w kwocie netto na konto "Rozliczenie międzyokresowe kosztów", a VAT był rozliczany w dacie zapłaty zaliczki. Od raportu zbiorczego miesięcznego z kasy rejestrującej na dokumencie wewnętrznym była odliczana zaliczka brutto.