Czy podatnik ma prawo do zwrotu nadpłaty podatku VAT zapłaconego z tytułu WNT

Podatnik prowadzący JDG, nievatowiec dokonał w październiku zakupu w Niemczech sprzętu muzycznego w kwocie mniejszej niż 50 tys., a dokładnie 8 657 zł. Transakcję tę jednak opodatkował w Polsce na deklaracji VAT-9M i zapłacił 1 991 zł podatku. Podatnik na fakturze zakupu podał dane swojego przedsiębiorstwa i numer NIP ale bez przedrostka PL. Faktura została wystawiona przez kontrahenta niemieckiego z przedrostkiem PL, który samodzielnie naniósł sprzedawca. Czy podatek VAT został zapłacony niepotrzebnie i czy można wystąpić o nadpłatę do polskiego urzędu z tego tytułu? Pierwotnie złożyłem deklarację VAT-8 ale urząd zadzwonił i zażądał złożenia deklaracji VAT-9M, co też zrobiłem. Złożyłem też wniosek o nadpłatę tego podatku ale urząd zadzwonił i zażądał wycofania wniosku z tego powodu, że podatek VAT musi być gdzieś zapłacony (na niemieckiej fakturze zakupu nie było VATu i ten powód wystarczy, żeby tego wniosku o nadpłatę nie zrealizować. Czy podatnik ma prawo do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty zapłaconego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów podatku VAT oraz jej zwrot?