W jakim przypadku należy rozpoznać WDT

Mam podpisaną umowę z firmą, za pośrednictwem której klient dokonuje zamówienia towaru i tam na formularzu podaje swoje dane do faktury. Często zdarza się, że zamawiający w pozycji REGON wpisuje swój NIP (ja nie mam możliwości dokonać poprawnych zapisów, dostawca programu też nie ingeruje w podane dane). Wówczas mam problem w przypadku WDT do czynnych podatników VAT UE, ponieważ faktura generuje się z polskim podatkiem VAT. Jak wówczas poprawnie rozpoznać taką transakcję, jako krajową czy w kwocie brutto WDT i sporządzić VAT UE?