Jak rozliczyć VAT z potrąconej płatności

PROBLEM

Kontrahent wystawił fakturę na kwotę 25.000,00 netto, 5.750,00 VAT i 30.750,00 brutto - zakup dot. pozycji z załącznika nr 15. Całość płacona jest podzieloną płatnością. Jednocześnie z tej płatności planowane jest potrącenie kwoty 2500,00 zł z tyt. kary umownej (wystawiono kontrahentowi notę księgową, jej termin płatności już minął). Jak prawidłowo policzyć kwotę netto i VAT dokonywanego przelewu? Proporcjonalnie z netto i VAT, czy może tylko netto mniejsze a VAT taki, jaki był na fakturze?