Faktura dokumentująca wpłacenie zaliczki bez adnotacji o takiej wpłacie

Spółka w kwietniu 2019 r. otrzymała fakturę VAT, w walucie EUR, z wykazanym polskim podatkiem VAT, w walucie polskiej, przeliczonej po średnim kursie NBP, z dnia poprzedzającego dzień wystawienia faktury oraz z polskim numerem NIP, od kontrahenta niemieckiego, zarejestrowanego na potrzeby podatku VAT w Polsce, posiadająca aktywny NIP polski oraz stałe miejsce prowadzenia działalności na terenie kraju. Faktura nie posiadała stwierdzenia "zaliczka", jednak w treści była zawarta informacja o przedmiocie zakupu, jakim była usługa oraz zapis 50%. Kontrahent w polu: data wystawienia i data sprzedaży, wpisał tę samą datę 04.04.2019. Usługa nie była rozliczana częściowo, a na dzień wystawienia nie była wykonana. Spółka zapłaciła za fakturę w dniu 15.05.2019, czyli po 30 dniach od jej wystawienia. Faktura została ujęta w rejestrze VAT naliczonym, zgodnie z datą płatności, czyli w maju 2019, spółka skorzystała tym samym z prawa do odliczenia. Spółka bowiem uznała fakturę za zaliczkową, pomimo braku takiej adnotacji. W dniu 02.07.2019 na skrzynkę mailową spółki wpłynęły w formie elektronicznej, w formacie pdf faktura korygująca, z datą wystawienia 04.04.2019, zerująca fakturę zapłaconą 15.05.2019; jako powód kontrahent wpisał zapłata po 30 dniach od wystawienia faktury oraz kolejna faktura VAT, w walucie EUR, z wykazanym polskim podatkiem VAT, w walucie polskiej, przeliczonej po średnim kursie NBP z dnia, poprzedzającego dzień wystawienia faktury oraz z polskim numerem NIP. Kontrahent w polu data wystawienia i data sprzedaży wpisał tę samą datę 17.05.2019. Faktura, zawiera adnotację zaliczka i dotyczy tej samej usługi, która została zafakturowana w kwietniu 2019. Faktury zostały automatycznie zarejestrowane przez dział rejestracji, w programie finansowo-księgowym spółki, z datą wpływu 02.07.2019, a kontrahent otrzymał automatyczne potwierdzenie odbioru faktury korygującej, zgodnie z procedurami obowiązującymi w spółce. W takiej sytuacji spółka powzięła wątpliwość, jak ma ująć faktury, w świetle przepisów o podatku VAT, które wpłynęły do spółki w lipcu 2019.