Nota obciążeniowa czy faktura VAT?

Czy wyrazić zgodę na notę obciążeniową, czy na fakturę VAT? Jesteśmy spółką z o.o., branża automatyka przemysłowa - usługi inżynierskie. W roku 2016 otrzymaliśmy wezwanie do zapłaty odszkodowania za wyrządzoną szkodę podczas usługi wykonywanej na podstawie umowy przez naszego pracownika. Kwota wysoka jak dla małej spółki, około miliona zł. Wtedy rozpoczął się proces wyjaśnień co do winy i odpowiedzialności u naszego ubezpieczyciela, u którego mieliśmy polisę OC. Firma ubezpieczeniowa uznała, że nie ponosimy winy i odmówiła wypłaty odszkodowania. Nasza firma jako wykonawca również wielokrotnie przedstawiała stanowisko, że usługa była wykonana prawidłowo i nie będziemy odpowiadać za to zdarzenie. W efekcie po 2 latach dochodzi do zawarcia ugody i wyrazimy zgodę na zapłatę połowy żądanej kwoty. W przypadku oddania sprawy do sądu zostalibyśmy wykluczeni z udziału w przetargach w całej grupie kapitałowej oraz doszłoby do rozwiązania wszystkich umów. Takie są zasady w grupie. Nasza firma zatrudnia 23 osoby i w takich warunkach musielibyśmy zwalniać pracowników i prawdopodobnie doszłoby do upadłości. Pytanie brzmi co jest w naszej sytuacji lepsze czy nota obciążeniowa bez VAT, w której musi paść sformułowanie, że jest to odszkodowanie, czy zaryzykować przyjęcie faktury VAT za zwolnienie z odpowiedzialności za szkodę opodatkowane VAT jako rodzaj wykupienia się od procesu sądowego i jego konsekwencji? Związek z działalnością opodatkowaną i związek z przychodami - istnieje taki pośredni, że nadal będziemy świadczyć usługi i uczestniczyć w przetargach, jeżeli chodzi o wielkość sprzedaży to przekroczymy kwotę odszkodowania w ciągu 12 miesięcy.