Komu należy wystawić fakturę w przypadku bezpośredniej zapłaty podwykonawcy?

Gmina ma zawartą umowę z dnia 11.01.2017 r. z Wykonawcą na wykonanie robót budowlanych w ramach projektu z dofinansowaniem środków europejskich (wynagrodzenie z umowy określone brutto tj. wraz z podatkiem VAT). Umowa przewiduje warunki realizacji prac przez podwykonawców. Podwykonawcy zostali zgłoszeni Zamawiającemu (przekazano umowy wykonawcy z podwykonawcą za wynagrodzeniem netto, gdzie pod. VAT podlega odwrotnemu obciążeniu). Czy Gmina może dokonać zapłaty bezpośrednio Podwykonawcy? Czy podwykonawcy w takiej sytuacji mogą wystawić faktury na gminę (za wynagrodzeniem netto, przy VAT o.o.)? Czy gmina ma wówczas naliczyć i odprowadzić podatek VAT? Jak będzie wyglądać zapłata Wykonawcy (wynagrodzenie pomniejszone o te wypłacone podwykonawcom), który na dodatek ma zajęcie wynagrodzenia cesją wierzytelności oraz zajęcie komornicze?? Jak rozliczyć pod. VAT? Po raz pierwszy spotykamy się z taką sytuacją i prosimy o pomoc w przedstawionej sprawie.