Skutki zapłaty zaległego podatku VAT za poprzednie lata

Proszę o informację, w jaki sposób ująć w księgach korektę związaną z rozliczeniem VAT należnego i naliczonego? Przeprowadzona kontrola skarbowa wykazała, że nasza organizacja jest płatnikiem VAT. W związku z powyższym za lata ubiegłe został wyliczony VAT należny i pomniejszony o VAT naliczony wynikający z faktur zakupu. Złożyliśmy deklaracje VAT 7 za lata 2005-2010 i zapłaciliśmy zaległe podatki. Jak ująć w księgach roku 2012 tę operację? Czy powinniśmy skorygować wartość środków trwałych o VAT naliczony (część została już całkowicie umorzona, część jeszcze się amortyzuje)?